Hallo,
klingt für mich nach CSS bugs. IE stellt nicht alles so dar wie FF oder Opera.
Da Dein angegebener Link nicht funktioniert (Seite wird überarbeitet), bleibt nur die Empfehlung mal im Internet zu googeln oder sich etwas genauer mit CSS zu beschäftigen.
Ein guter Startpunkt ist folgende Webseite:
http://www.positioniseverything.net/Suche auch mal hier im Forum, ähnliche Probleme wurden hier schon zigmal diskutiert.
Solltest Du kein CSS sondern Tabellen verwenden, probiere mal die Tabelle nicht mit 100% width anzugeben, sondern mit 98% oder so.
Gruss Christian