Op
http://www.wbhulp.nl/wb/posts/problemen-met-fck-editor-en-ie9.php wordt het probleem opgelost.
Daar wordt vermeld:
WebsiteBaker gebruikt (sinds versie 2.

een template systeem (Thema's) voor de beheer schermen.
Bijna alle backend pagina's worden daarbij opgebouwd met behulp van één header bestand. Als we daarin de code plaatsen die ervoor zorgt dat IE9 terugschakelt naar IE8 is het probleem opgelost.
Zoek in het backend thema die je voor je website gebruikt het bestand /template/header.htt (dus bijvoorbeeld {website_root}/templates/argos_theme/templates/header.htt) en voeg direkt na de <title> regel een regel in met de volgende inhoud.
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EmulateIE8" />
Ik heb het vandaag uitgeprobeerd en omdat ik meerdere templates had geïnstalleerd heb ik in alle header.htt bestanden deze regel toegevoegd. En verdraaid... het werkt.
Voor mij is de webmaster van deze hulpsite (ALLWWW?) de topper van de dag!!!